| Gunia M., Douhard F , Savietto D., Sautier M , Fillon V , Rupp R., MorenoRomieux C , Mignon-Grasteau S., Gilbert H , Fortun-Lamothe L , Ducos A.,2023.SYNTHESE : Contribution de la génétique animale à la transition agroécologique des systèmes d’élevage cunicole. 19èmes Journées de la Recherche Cunicole, Le Mans, 22-23 mars 2023, 124-136 |
melanie.gunia@inrae.fr
Mélanie GUNIA pendant l'exposé de la communication
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Les systèmes d’élevage font face à une importante crise de légitimité et doivent évoluer en profondeur. Les élevages cunicoles, comme les autres, sont touchés par cette crise. L’agroécologie offre un cadre pertinent pour guider cette évolution. Si la génétique a été associée dans le passé au développement de systèmes qui sont aujourd’hui remis en cause, elle peut également jouer un rôle dans leur transition. Pour cela, la génétique animale devra contribuer aux travaux visant une reconception des systèmes d’élevage cunicole.
Différentes voies de transition sont possibles, de l’intensification durable (ou écologie industrielle) à ce virage qu’est l’agroécologie. Les débats sont vifs entre les partisans de chaque orientation, y compris au sein de la communauté scientifique. L’élevage de lapins en France est très largement basé sur le modèle dit « conventionnel ». L’interprofession Lapin (CLIPP) souhaite que la filière évolue vers une diversification de la production, avec un développement de l’offre de lapins issus d’élevages alternatifs, sous cahier des charges Label Rouge et Agriculture Biologique. Leur but était d’atteindre 25% de viande de lapins issus d’élevages alternatifs en 2022 (CLIPP, 2018). Ce but reste à atteindre et pour accompagner cette transition, l’effort de recherche doit être conséquent et envisagé de façon interdisciplinaire. La recherche en génétique animale doit se saisir de ces thématiques pour accompagner au mieux la transition agroécologique des systèmes cunicoles. |
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| Renevey M. , Combes S. , Cauquil L., Aymard P., Helies V., Larzul C , Ruesche J. , Poli M., Zemb O., Garreau H., 2023. Etude de la résilience de l’holobionte suite à une rupture de transmission symbiotique dans 2 lignées de lapins sélectionnées sur l’efficacité alimentaire. 19èmes Journées de la Recherche Cunicole, Le Mans, 22-23 mars 2023, 137-141 |
renevey.marie@gmail.com
Sylvie COMBES pendant la présentation de la communication
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Cette étude porte sur deux lignées sélectionnées depuis 10 générations chacune pour un critère d’efficacité alimentaire (croissance en alimentation restreinte pour la lignée AlimR ou consommation résiduelle en régime ad libitum pour la lignée ConsR) . L 11ème génération a été introduites dans un bâtiment nouveau par adoption des lapereaux nouveaux nés par des femelles EOPS. A la suite de cette rupture de transmission symbiotique, la collecte de fèces des animaux a permis d’étudier la composition du microbiote des deux lignées au cours de 7 générations suivantes , de la 11e à la 18e génération (17 femelles par lignée et par génération). La proportion de Firmicutes était  significativement plus élevée dans la lignée AlimR que dans la lignée ConsR (82.22% vs 78.21% respectivement, P < 0,0001). Réciproquement, la proportion de Bacteroidota était significativement plus élevée dans la lignée ConsR que dans la lignée AlimR (20.38% vs 16.50% respectivement, P < 0,0001). L’effet de la génération était également significatif pour l’abondance des Firmicutes et des Bacteroidota (P=0,0009 et P < 0,0001, respectivement). Les valeurs des indices d’alpha-diversité de la lignée AlimR étaient plus élevées que dans la lignée ConsR, (5,23 vs 5,14 respectivement pour ’indice de Shannon, P=0,02). L’effet de la génération était également significatif pour l’indice de Shannon (P=0,003). Enfin une analyse discriminante en composantes principales de la composition du microbiote a permis de distinguer d’une part les deux lignées, d’autre part les générations, notamment la 11eme génération de sélection correspondant aux animaux adoptés par des femelles EOPS et la 18eme génération. |
| Gunia M., Ruesche J., Aymard P, Gillet E; Herbert C., Helies V., Maupin M., Savietto D., Warin L., Gilbert H., Garreau H., 2023. Une expérience de sélection pour la résistance non-spécifique aux maladies. 19èmes Journées de la Recherche Cunicole, Le Mans, 22-23 mars 2023, 142-145. |
melanie.gunia@inrae.fr
Mélanie GUNIA pendant la présentation de la communication
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Nous avons réalisé une expérience de sélection pour étudier la possibilité d'améliorer la résistance non spécifique aux maladies chez les lapins. Le critère de sélection était un caractère binaire (sain versus malade ou mort) obtenu à partir des signes cliniques de maladies observés en élevage. Un troupeau de 116 à 132 femelles et 30 mâles issu de la lignée INRA1777 a été sélectionné sur la base de ce critère pendant cinq générations sur l’installation expérimentale cunicole d’INRAE.  L'héritabilité du caractère de résistance spécifique aux maladies était de 0,025 ± 0,008. Après cinq générations de sélection, le progrès génétique estimé s’élevait à 1,5 écart-type génétique, ce qui montre que la sélection pour la résistance non-spécifique aux maladies est réalisable.
Les premiers résultats de l'expérience de sélection sont prometteurs. Nous n'avons pas effectué de sélection divergente pour des raisons éthiques. Cependant, une comparaison avec un troupeau témoin est en cours. Ce troupeau témoin a été reconstitué à partir des embryons cryoconservés du troupeau fondateur (avant sélection). Cette dernière expérience devrait nous permettre d'évaluer l'effet de la sélection en comparant les groupes sélectionnés et témoins dans le même environnement. Ils seront exposés aux mêmes agents pathogènes et pourront ainsi exprimer leurs différents degrés de résistance et/ou de tolérance aux maladies.
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| Le Graverand Q., Labrune Y., Aymard P., Chapuis H., Demars J., Helies V., Riquet J., Ruesche J., Zemb O., Gilbert H., Garreau H., 2023. Analyse génomique de la composition du microbiote caecal du Lapin.19èmes Journées de la Recherche Cunicole, Le Mans, 22-23 mars 2023, 146-150. |
herve.garreau@inrae.fr
Hervé GARREAU pendant la présenation de la communication
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Le but de cette étude est d’identifier des régions chromosomiques du Lapin (QTL) associées à la composition de son microbiote caecal pour mieux connaitre le déterminisme génétique de ce caractère. L’ADN ribosomique 16S de la communauté bactérienne du caecum a été extrait et séquencé chez 525 lapins, issus d’une lignée sélectionnée sur l’efficacité alimentaire et d’une lignée témoin non  sélectionnée. Les séquences, après raréfaction et filtration, ont permis de retenir 859 OTUs (operational taxonomic unit). Les lapins ont été génotypés avec la puce Affimetrix Axiom Rabbit 200K. Après contrôle qualité, 514 lapins et 103 072 SNPs ont été retenus pour l’analyse d’association. Quatre-vingt-un QTLs ont été identifiés pour 69 OTUs, avec un total de 492 SNPs significativement associés à leur abondance. La plupart des QTLs étaient associés à l’abondance d’une seule OTU. Huit QTL étaient associés à 2 ou 3 OTUs. Des gènes candidats liés à la réponse immunitaire ou au métabolisme des acides biliaires localisés dans ces régions sont discutés. Un total de 1 359 gènes codant des protéines a été identifié dans les régions QTL détectées. La recherche de candidats a été limitée aux OTU associés à plus de 20 SNPs significatifs. Des candidats ont pu être identifiés pour 3 OTUs.
L'identification de 81 QTL permet de documenter le déterminisme génétique du microbiote cæcal du Lapin. Le lien entre ces régions génomiques et les OTUs associées reste à élucider. Il est également nécessaire d'évaluer si cette information génomique est pertinente pour la sélection. |
Maupin M., Robert R.,, Herry F., Ruer T., Hurtaud J., 2023. Amélioration de l’efficacité de la sélection sur le rendement carcasse du Lapin, 19èmes Journées de la Recherche Cunicole, Le Mans, 22-23 mars 2023, 151-155 |
mickael.maupin@hypharm.fr
 Mickael MAUPIN pensant la présentation de la communication
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La lignée mâle AGP59 de HYPHARM est sélectionnée sur le Rendement en Carcasse (RC) depuis 1987 avec abattage contrôlé de lapereaux issus de femelles primipares à 10 semaines d’âge. Cette méthode de sélection a permis un gain phénotypique  significatif de 0,14 point de rendement par an depuis 2008, permettant d’atteindre un niveau de rendement carcasse à froid de 60,06% en moyenne sur la lignée pure en sélection en 2021. Différentes approches ont été testées pour amplifier l’augmentation du RC sur le lapin de chair par la sélection : par l’étude de l’amélioration de l’efficacité de la méthode actuelle à l’aide de l’outil de simulation stochastique MoBPS, e t par l’utilisation d’un outil d’imagerie Computed Tomography (CT) pour estimer le rendement en carcasse sans sacrifier d’animaux collatéraux des candidats à la sélection. Les corrélations phénotypiques montrent que le poids vif et le poids carcasse sont des caractères très bien évalués par CT (respectivement r=0,98 et r=0,83). En revanche, la corrélation se dégrade nettement pour le caractère RC (r=0,48). Après comparaison, la méthode utilisée depuis 2008 semble la plus efficace et actuellement la meilleure pour sélectionner sur le rendement de la carcasse entière du Lapin. |
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